БД строит в памяти хитрейшим образом организованные кэши. Чем навороченнее БД тем БД-шные кэши хитрее. Также достаточно навороченная БД организует запись в файлы (своего, внутреннего формата) так, чтобы не мешала фрагментация файлов, или чтобы фрагментации файлов вообще не было