мне кажется, что основных проблем две:
1. (уже выше указали) создаётся инфраструктура, т.е. в будущем (в т.ч. ближайшем) на этих базах можно разместить вообще что угодно (в т.ч. ядерное оружие. Ну и в целом это создаёт прецедент свободного (ничем не ограниченного) присутствия ВС США в Восточной Европе.
2. РЛС в Чехии уже сейчас сможет значительно лучше контролировать воздушное пространство над Россией